Awalnya adalah rumah pelukis terkenal Indonesia, Raden Saleh Syarif Bustaman (1814-1880) dan isterinya. Rumah ini dibangun pada tahun 1852 dengan arsitektur perpaduan antara gaya Neogotik Perancis clan Moor. Setelah Raden Saleh ditangkap pemerintah Belanda pada tahun 1869 atas tuduhan subversif, rumahnya dijual kepada Sayid Abdullah bin Alwi Alatas.
Berdiri pada 12 Januari 1898 sebagai RS Ratu Emma (Vereniging voor Ziekenverpleging Koningen Emma Ziekenhuis Tjikini), RS Cikini didirikan oleh Ny. Adriana Josina de Graaf-Kooman, istri misionaris Belanda, dengan tujuan untuk merawat orang-orang sakit dari berbagai golongan masyarakat tanpa memandang kedudukan dan untuk semua suku, bangsa, dan agama. Biaya pendirian rumah sakit diperoleh dari Ratu Emma, digunakan untuk membeli bekas rumah pelukis kenamaan Raden Saleh di Menteng (Huis van Raden Saleh). Nirin Ninkeulen dari Depok menjadi pribumi pertama yang bekerja sebagai tenaga medis di RS Ratu Emma. Rumah Sakit Ratu Emma berubah nama menjadi Rumah Sakit Tjikini pada 1 Agustus 1913.
Pada masa pendudukan Jepang, RS Cikini dijadikan Rumah Sakit Kaigun (Angkatan Laut Jepang). Pasca pendudukan Jepang (Agustus 1945 - Desember 1948), RS Tjikini dioperasikan oleh RAPWI dan kemudian DVG, hingga akhir 1948 RS Cikini dikembalikan pengelolaannya kepada pihak swasta dipimpin oleh R.F. Bozkelman. Tahun 1957, pengelolaan Stichting Medische Voorziening Koningen Emma Ziekenhuis Tjikini diserahkan kepada DGI (Dewan Gereja-gereja di Indonesia) dengan Prof. Dr. Joedono sebagai pimpinan sementara. Selanjutnya diangkat dr. H. Sinaga, sebagai direktur pribumi pertama RS Tjikini. Yayasan Stichting Medische Voorziening Koningen Emma Ziekenhuis Tjikini kemudian diubah namanya menjadi Yayasan Rumah Sakit DGI Tjikini. Pada 31 Maret 1989, sehubungan dengan perubahan nama DGI menjadi PGI, dan adanya ejaan Bahasa Indonesia yang disempurnakan, maka nama Yayasan RS DGI Tjikini disempurnakan menjadi Yayasan Kesehatan PGI Cikini.
Yayasan Kesehatan PGI Cikini membawahi Rumah Sakit PGI Cikini, Akademi Perawat RS PGI Cikini (Akper Cikini), Pusat Pelatihan dan Pengembangan Sumber Daya Manusia RS PGI Cikini (PPSDM), dan Balai Kesehatan Masyarakat di Tanjung Barat.
